شرکت پرداخت الکترونیک پاسارگاد با مجموعه‌ای از چالش‌های عملیاتی و مالی در حوزه فناوری، رقابت و تامین منابع روبه‌روست. تهدیدات سایبری، تغییرات سریع فناوری‌های پرداخت، ورود فین‌تک‌ها، نوسانات نرخ ارز و فشارهای تورمی می‌توانند هزینه‌های عملیاتی را افزایش دهند و بر سودآوری اثر بگذارند. در کنار این عوامل، رقابت فشرده میان شرکت‌های PSP، کاهش وفاداری پذیرندگان، تغییر رفتار مشتریان و افزایش هزینه نگهداری زیرساخت‌ها نیز فضای فعالیت شرکت را پیچیده‌تر کرده است.

در این میان، موضوعاتی مانند مطالبات از بانک‌ها، الزامات قانونی، مهاجرت نیروی انسانی متخصص و احتمال اختلال ناشی از تنش‌های منطقه‌ای نیز بر روند فعالیت شرکت پرداخت الکترونیک پاسارگاد تاثیرگذار هستند. شرکت برای کاهش ریسک، توسعه زیرساخت‌های امنیتی، به‌روزرسانی تجهیزات، تنوع‌بخشی به درآمدها، مدیریت جریان نقدی و سرمایه‌گذاری در خدمات نوآورانه را دنبال می‌کند. بعضی وعده‌های مدیریتی آن‌قدر متعدد شده که دستگاه کارتخوان هم برای ثبتشان کاغذ کم می‌آورد و صف پذیرندگان را طولانی‌تر می‌کند.