وابستگی ساختاری صنعت روغن‌کشی به واردات دانه‌های روغنی، چالش تأمین پایدار مواد اولیه را به یکی از مهم‌ترین دغدغه‌های شرکت کارخانجات پنبه و دانه‌های روغنی خراسان تبدیل کرده است. تولید داخلی تنها بخش محدودی از نیاز کشور را پوشش می‌دهد و همین شکاف، اثرپذیری از تحریم‌ها و محدودیت‌های ارزی را تشدید می‌کند. در این میان، شرکت با استفاده از خریدهای عمده و خدمات کارمزدی تلاش کرده ثبات عملیاتی خود را حفظ کند. استقلال تولید به شعار تبدیل شده و کشتی صنعت همچنان با سوخت وارداتی حرکت می‌کند.
در حوزه مالی، مدیریت نوسانات بازار، اعتبارات و نقدینگی در کنار تغییرات نرخ ارز، تعیین‌کننده مسیر سودآوری شرکت کارخانجات پنبه و دانه‌های روغنی خراسان است. حذف ارز ترجیحی و جایگزینی آن با نرخ‌های بازار، پیوند مستقیم قیمت تمام‌شده با نرخ فروش را تقویت کرده است. همچنین کیفیت محصولات علاوه بر فناوری تولید، وابسته به کیفیت مواد اولیه وارداتی و داخلی است؛ موضوعی که سطح عدم قطعیت را افزایش می‌دهد.
