روش‌شناسی اقتصاد تطبیقی به بررسی نظام‌مند تفاوت‌ها و شباهت‌های میان نظام‌های اقتصادی، نهادها و سیاست‌ها در کشورها یا دوره‌های زمانی مختلف می‌پردازد. هدف این رویکرد آن است که توضیح دهد چرا برخی اقتصادها در رشد، رفاه یا ثبات موفق‌ترند، در حالی‌ که دیگران همچنان در جا می‌زنند. این حوزه از ترکیبی از روش‌های کیفی و کمی، از تحلیل تاریخی و نهادی تا مقایسه‌های آماری و اقتصادسنجی بهره می‌گیرد. انتخاب دقیق واحد مقایسه و توجه به بسترهای فرهنگی و سیاسی اهمیت زیادی دارد زیرا اقتصادها شبیه آزمایشگاه‌های فیزیک نیستند که همه‌چیز در آن‌ها قابل کنترل باشد.

در سال‌های اخیر، اقتصاد تطبیقی با استفاده از داده‌های خرد، آزمایش‌های طبیعی و روش‌های علّی پیشرفته‌تر شده است. تمرکز پژوهش‌ها نیز از مقایسه کلی نظام‌ها به بررسی سیاست‌ها و نهادهای مشخص تغییر یافته است. البته چالش‌هایی مانند محدودیت داده‌ها و هم‌ارزی مفاهیم همچنان باقی است؛ چرا که در عمل، همه کشورها منحصربه‌فردند اما بعضی‌ها اصرار دارند ثابت کنند نسخه‌شان برای همه جواب می‌دهد.